W finale trylogii „Matrixa”, Neo (Keanu Reeves) podejmuje ostatni ruch w szukaniu prawdy. Bohater złapał w śpiączkę, poprzez którą jego umysł ugrzązł pomiędzy światem Matrixa, a prawdą. Trinity (Carrie-Anne Moss) za każdą cenę była się go wziąć z snu. Morfeusz (Laurence Fishburne) z zmianie zmaga się z kwestiami, bądź ten komu zaufał, nie okazał się układem sterowania odkrytym przez autorów Matrixa. Tymczasem armia maszyn integruje się do Syjonu – ostatniej ludzkiej osady. Jej obywatele organizują taktykę obronną. W między czasie Smith (Hugo Weaving) – były przedstawiciel systemu, wymyka się spod władzy maszyn oraz ustanawia przejmowanie władzy w Matrixie.