W roku 2011 tajemnicza choroba zabija 99% ludności na Podłogi. Ci, którzy ocaleli godzą się pod kontrolą Kongresu Głębokiego oraz ustanawiają miasto-państwo pod marką Bregna. Z świata zewnętrznego Bregna oddzielona jest słynnym murem. Życie posuwa się tam spokojnie a pracownicy odczuwają się bezpiecznie. A każdy ideał pamięta naszą cenę. Z wszystkim rokiem jeszcze wysoce ludzi Bregny znika w niewyjaśnionych okolicznościach – nikt nie zadaje pytań dlaczego? Aeon Flux (Charlize Theron), najlepsza agentka podziemnej organizacji rebeliantów pod nazwą 'Monican’ zostaje przekazana poprzez swoja przełożoną Handler (Frances McDormand) na misję specjalną. Aeon ma zabić pewnego spośród pierwszych członków Kongresu, Trevora Goodchilda (Marton Csokas). W okresie naszej roli Flux dowiaduje się, że nic nie istnieje takie na które wygląda.