Akcja odbywa się w roku 2029, w świecie, w którym komputery są wszechobecne. Wraz z ich ekspansją zamieniłaby się definicja przestępstwa. Teraz najgorszą zbrodnią jest włamywanie się do platformie. By temu zaradzić, powołano specjalny oddział Sekcja 9, przechowujący się z cyborgów będących dostęp do platformy z jakiegokolwiek położenia na Planety. „Ghost in the Shell” traktuje o badaniach przez parę agentów groźnego hakera przechowującego się pod pseudonimem „Władca marionetek”.