Święty Mikołaj ma przypadek i rozkłada się z saniami na Madagaskarze, czego wnioskiem jest amnezja, dlatego Alex, Marty, Melman i Gloria z korzyścią pingwinów muszą rozwieść wszystkim prezenty i uchronić Boże Narodzenie przed totalną katastrofą. Przy okazji zamierzają wykorzystać sanie Świętego Mikołaja, żeby w tyle wrócić do domu, do nowojorskiego ZOO. Tymczasem pingwiny rozpoczynają walkę z reniferami o to, który biegun jest ważniejszy.