Film traktuje o pewnym z specjalnie niebezpiecznych okresów w przeszłości świata: rozmieszczeniu radzieckich rakiet na Kubie w 1962 roku także powiązanym z tymże momentem międzynarodowym, którego perspektywą był początek konfliktu nuklearnego między Rosją oraz Stanami Zjednoczonymi. Tytułowe 13 dni były najniebezpieczniejszym stanem dla administracji Kennedego. W gabinetach narodowych i prezydenckich przeprowadzała się walka między doradcami prezydenta, Pentagonem, CIA. Kryzys oglądamy oczami specjalnego asystenta prezydenta Johna F. Kennedego – Kennego O’Dommell’a (K. Costner).