Kontynuacja przeboju kinowego z 2014 roku. Teraz bohaterowie muszą powrócić, by uratować miasto przed trudnym zagrożeniem. Raphael, Splinter, Donatello i Michelangelo muszą walczyć dalej z pełniejszymi i surowszymi złoczyńcami, którzy pod przywództwem Shreddera chcą zrobić plan zapanowania nad światem.